主线剧情有以下集数：

1、新一变柯南

TV1-2集

新一暗中观察的毛病始终改不了，这一次不走运的新一看见了神秘组织和某公司社长进行秘密交易，看的正起劲的时候不料被后面来的琴酒当头一闷棍干趴下。

变小后的新一来到了阿笠博士这里，说明原委后博士相信了他，不料小兰的突然造访，情急之下的新一急中生智，以江户川柯南的身份蒙混过关。

2、服部识破柯南身份

TV59-60集

通过细心的观察和推理，服部还是怀疑柯南的身份，作死的柯南把***对准了服部，醒来的服部发现事情并不简单，威逼利诱下，柯南道出了实情。两人正式成为好基友。

3、雪莉出场

TV135-141集

琴酒利用明美抢劫玩十亿元后便***死了明美，雪莉对这件事耿耿于怀，组织也没有给一个明确的说法。

雪莉以停止研究为要挟，后被组织关押起来等待发落，期间雪莉偷偷服下了私藏的A药，逃出去的雪莉也是来到了阿笠博士这里，被博士发现后收养，化名为灰原哀。

中间灰原对柯南说了一句很意味深长的话：工藤，我想你从来没想过吧，半世纪前你已经在我们组织进行的秘密计划中，已经有很大关联了。

4、再会琴酒

TV176-178

琴酒接到组织的任务***掉吞口议员，期间灰原和柯南发现了琴酒的车子保时捷356A，柯南在车上装上了***，上车不久后，琴酒就发现了***和一根啡色的头发。

匹斯可顺利的***死了吞口议员的同时也发现了灰原哀的真实身份，灰原被带到一个酒窖里，后来经过柯南的指点，灰原暂时恢复了身体逃到了屋顶，却不料琴酒早已等候多时。

赶来救援的柯南一针射向了琴酒，灰原趁机从烟囱逃回酒窖。

5、人鱼篇

TV241-243集

柯南一家和服部两口子来到了人鱼岛观光，期间接二连三的发生命案，柯南调查名册的时候发现了宫野志保的名字，其中还有黑泽阵和鱼冢三郎的名字，这两个名字可能是琴酒和伏特加的真名。

6、纽约篇

TV308-310集

新一和小兰救下了假扮成***人魔的贝尔摩德，这也为以后满月篇贝姐放过柯南埋下伏笔。

7、板仓卓的日记

TV332-336集

半仓做受到组织的威胁，要求其开发出一种未知软件，但是板仓卓说为了全人类，自己不能开发这种软件，期间板仓卓和贝尔摩德有一段意味深长的对话，我们既是上帝也是恶魔，我们要逆转时间的洪流，让死人复活。

8、宫野志保的录音带

TV363-366集

贝姐发现灰原哀的真实身份，